سازمان از پرداخت هرگونه مالیات و عوارض اعم از نوسازی و غیره و پرداخت هزینه تمبر دعاوی معاف است، همچنین سازمان و سازمان تامین خدمات درمانی از پرداخت حقوق و عوارض گمرکی آن قسمت از داروها و تجهیزات و لوازم بیمارستانها و درمانگاهها که معافیت آنها قبلا مورد تایید وزارت امور اقتصادی و دارایی قرار گرفته است معاف خواهد بود.