ثبت شناورها در منطقه آزاد توسط مرکز ثبت شناور تحت مدیریت سازمان که در منطقه آزاد موضوع این آیین نامه ایجاد می‌گردند، انجام می‌شود. دفتری به نام دفتر ثبت شناور در این مرکز تنظیم و نگهداری می‌شود و تمام مشخصات ثبتی شناور، مالک یا مالکان و اجاره‌کنندگان کامل شناور حسب مورد باید در دفتر ثبت شناور درج و این اطلاعات در مرکز ثبت شناور نگهداری شود.