وظایف وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی عبارتند از: 1- تدوین و ارائه سیاستها، تعیین خط مشی‌ها و نیز برنامه‌ریزی برای فعالیتهای مربوط به تربیت نیروی انسانی گروه پزشکی پژوهش، خدمات بهداشتی، درمانی، داروئی، بهزیستی و تامین اجتماعی. 2 (اصلاحی 1375/10/05)- تامین بهداشت عمومی و ارتقاء سطح آن از طریق اجرای برنامه‌های بهداشتی خصوصا در زمینه بهداشت محیط و کنترل و نظارت بهداشتی بر سموم و مواد شیمیایی، مبارزه با بیماریها، بهداشت‌خانواده و مدارس آموزش بهداشت عمومی، بهداشت کار و شاغلین با تاکید بر اولویت مراقبت‌های بهداشتی اولیه، بویژه بهداشت مادران و کودکان با‌همکاری و هماهنگی دستگاه‌های ذیربط. تبصره 1(الحاقی 1375/10/05)- کلیه اختیارات و وظایف قانونی وزارت جهاد سازندگی (‌سازمان دامپزشکی کشور) و وزارت کشاورزی (‌سازمان حفظ نباتات) همچنان به‌قوت خود باقی است. اعلام ضوابط و حدود تماس مجاز سموم و مواد شیمیایی از حیث رعایت نکات بهداشتی بر عهده وزارت بهداشت، درمان و‌آموزش پزشکی است و کلیه سازمانهای ذیربط موظف به رعایت ضوابط مربوط می‌باشند. تبصره 2(الحاقی 1375/10/05)- آیین نامه مربوط به کنترل و نظارت بهداشتی بر سموم و مواد شیمیایی توسط وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی با مشارکت وزارتخانه‌های جهاد سازندگی، کشاورزی، صنایع و سازمان حفاظت محیط زیست تهیه و به تصویب هیات وزیران می‌رسد. 3 - ایجاد نظام هماهنگ بهداشت، درمان و آموزش پزشکی و گسترش شبکه تلفیقی بهداشت و درمان. 4 - تعیین رشته‌ها و مقاطع تحقیقی مورد نیاز کشور و اجرای برنامه‌های تربیت نیروی انسانی گروه پزشکی در جهت نیل به خود کفائی. تبصره 1 (اصلاحی 1370/10/04)- جهت نظارت و تعیین ضابطه لازم در مورد ارزشیابی کلیه مدارک تحصیلی دانشجویان گروه پزشکی خارج از کشور، شورائی به نام شورای ارزشیابی مدارک تحصیلی خارجی گروه پزشکی به ریاست معاون ذیربط وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی و چهار نفر از اساتید گروه پزشکی به انتخاب وزیر بهداشت، درمان و آموزش پزشکی در آن وزارت تشکیل می‌شود. ارزشنامه مدارک تحصیلی به امضای وزیر بهداشت، درمان و آموزش پزشکی خواهد رسید. تبصره 2- کلیه ضوابط و مقررات آموزشی حاکم بر سایر دانشگاههای کشور و نیز ضوابط و مقررات آموزشی اعلام شده از طرف شورای عالی انقلاب فرهنگی و وزارت فرهنگ و آموزش عالی در مورد دانشگاههای علوم پزشکی حاکم و مجری خواهد بود. نحوه نظارت وزارت فرهنگ و آموزش عالی بر اجرای ضوابط قانونی به گونه‌ای که با اختیارات و مسئولیتهای وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی مغایرت نداشته باشد، توسط شورای عالی انقلاب فرهنگی تعیین خواهد شد. تبصره 3 الحاقی (الحاقی 1370/10/04)- به منظور جبران کمبود نیروی انسانی و بکارگیری هر چه سریعتر کادر مورد نیاز از افراد ارزشیابی شده فوق و یا افراد دیگر به وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی اجازه داده می‌شود که فارغ‌التحصیلان گروه پزشکی و پیراپزشکی و بهیاری و پرستاری و مامائی را تا تعیین تکلیف آنها از طرف گزینش به کار گمارد و چنانچه پس از یک سال از شروع کار آنها نظریه‌ای دال بر عدم صلاحیت آنها اعلام نگردد به استخدام قطعی آنان اقدام‌شود. 5 - انجام تحقیقات بنیادی و کاربردی در جمیع رشته‌های پزشکی و زمینه‌های بهداشتی و درمانی و نیز ایجاد و گسترش موسسات و واحدهای پژوهش پزشکی و نظارت بر پژوهشها و هماهنگ ساختن برنامه‌های موسسات تحقیقاتی پزشکی. 6 - برنامه‌ریزی به منظور توزیع متناسب و عادلانه نیروی انسانی و سایر امکانات (آموزش پزشکی و تسهیلات بهداشتی - درمانی) کشور با تاکید اولویت برنامه‌های بهداشتی و رفع نیاز مناطق محروم و نیازمند. 7 -فراهم نمودن تسهیلات لازم برای برخورداری همگان از خدمات درمانی در حدود امکانات از طریق ایجاد و گسترش مراکز درمانی دولتی و بهبود استاندارد آنها و استفاده از همکاری موسسات خیریه و بخش خصوصی و نیز انواع بیمه‌های درمانی. تبصره - وزارت جهاد سازندگی در حدود وظایف قانونی محوله با موافقت وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی به خدمات بهداشتی درمانی مناطق روستائی و عشایری کمک خواهد نمود. 8 -تامین منابع مالی با بهره‌گیری از اعتبارات عمومی، حق بیمه، درآمدهای اختصاصی و کمکها و مشارکت مردمی. 9- تامین و ارائه خدمات لازم به معلولین جسمی، ذهنی و اجتماعی قابل توانبخشی در حدود امکانات. 10 - تشویق و ترغیب افراد خیر و موسسات خصوصی جهت اقدامات حمایتی برای کودکان در سنین قبل از دبستان و سالمندان و خانواده‌ها و افراد بی‌سرپرست و نیازمند و معلولین جسمی، ذهنی و اجتماعی غیر قابل توانبخشی و ارائه این خدمات در موارد ضروری توسط موسسات دولتی و نظارت بر این اقدامات. 11 - تعیین و اعلام استانداردهای مربوط به: الف - خدمات بهداشتی، درمانی، بهزیستی و داروئی. ب -مواد داروئی، خوراکی، آشامیدنی، بهداشتی، آرایشی، آزمایشگاهی، تجهیزات و ملزومات و مواد مصرفی پزشکی و توانبخشی. ج - بهداشت کلیه موسسات خدماتی و تولیدی مربوط به خدمات و مواد مذکور در فوق. 12- صدور، تمدید و لغو موقت یا دائم پروانه‌های: الف - موسسات پزشکی، داروئی، بهزیستی و کارگاهها و موسسات تولید مواد خوراکی و آشامیدنی و بهداشتی و آرایشی. تبصره- صدور مجوزهای صنعتی واحدهای بهداشتی و درمانی توسط وزارت صنایع منوط به تایید وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی است. ب- ساخت فرآورده‌های داروئی و مواد بیولوژیک، خوراکی، آشامیدنی، بهداشتی، آرایشی و آزمایشگاهی و تجهیزات و ملزومات و مواد مصرفی پزشکی و توانبخشی. 13- انجام نظارت و کنترل کیفی مواد مذکور در بند «ب» از قسمت 12 ماده 1 و تعیین ضوابط و مقررات لازم برای موارد مذکور در بند «الف» و «ب» ماده 12. 14 - صدور پروانه اشتغال صاحبان حرف پزشکی و وابسته پزشکی. 15 - تعیین مبانی محاسبه هزینه‌های خدمات تشخیصی و درمانی، داروئی، بهزیستی و تعیین تعرفه‌های مربوط در بخش دولتی و غیر دولتی و تعیین شهریه آموزشهای غیر رسمی و آزاد در زمینه‌های مختلف علوم پزشکی. 16- تعیین ضوابط مربوط به ارزیابی، نظارت و کنترل بر برنامه‌ها و خدمات واحدها و موسسات آموزشی و پژوهشی، بهداشتی، درمانی و بهزیستی و انجام این امور بر اساس استانداردهای مربوطه. 17 - تعیین ضوابط مربوط به ورود، ساخت، نگهداری، صدور، مصرف و انهدام مواد اولیه بیولوژیک مخدر، خوراکی، آشامیدنی، بهداشتی، آرایشی، آزمایشگاهی و فرآورده‌های داروئی و تجهیزات و ملزومات و مواد مصرفی پزشکی و توانبخشی و نیز ارزشیابی، نظارت و کنترل ضوابط مذکور. 18 - انجام پژوهش در زمینه طب سنتی و بررسی و تحقیق در زمینه خواص داروئی گیاهان و امکانات تهیه و استفاده از داروهای گیاهی و آموزش صحیح در زمینه‌های فوق و ایجاد مراکز مناسب برای طب سنتی.