شورای عالی آموزش و پرورش وابسته به وزارت آموزش و پرورش است و سازمان اداری آن به عنوان یکی از واحدهای وزارت آموزش و‌پرورش دارای بودجه و تشکیلات جداگانه اداری و فنی است.