وظایف و اختیارات سازمان باتوجه به اهداف فوق به شرح زیر می‌باشد: الف - اظهارنظر مشورتی در تهیه و تدوین لوایح‌، طرحها، تصویب‌نامه‌ها و آیین نامه‌های مرتبط با امور پزشکی . ب - تنظیم دستورالعمل‌های تبلیغاتی و آگهی‌های داروئی و مواد خوراکی و آشامیدنی و آرایشی و بهداشتی و امور پزشکی و اعلام به مراجع ذی‌ربط‌. تبصره - سازمان نظام پزشکی موظف است حداکثر ظرف مدت پانزده روز از تاریخ وصول استعلامیه‌، نظر خود را به مراجع ذی‌ربط اعلام نماید. ج - تدوین و تصویب مقررات و ضوابط خاص صنفی مربوط به استاندارد کردن تابلوها و سرنسخه‌های موسسات پزشکی و پزشکان شاغل حرف پزشکی و وابسته پزشکی‌. د - اجرای برنامه‌های آموزش مداوم اعضاء موضوع این قانون در راستای قانون آموزش مداوم جامعه پزشکی با مجوز وزارت بهداشت‌، درمان و آموزش پزشکی‌. ه - صادر نمودن کارت عضویت برای اعضاء سازمان موضوع این قانون‌. و - رسیدگی انتظامی به تخلفات صنفی و حرفه‌ای شاغلین حرف پزشکی که عنوان جرائم عمومی را نداشته باشند. ز - اظهارنظر کارشناسی در مورد جرائم پزشکی به عنوان مرجع رسمی به دادگاهها و دادسراها. ح - همکاری با مراجع ذی‌صلاح در جهت رسیدگی به تخلفات غیرصنفی و جرائم شاغلین به حرف پزشکی و وابسته به پزشکی و اظهارنظرهای کارشناسی مشورتی در این رابطه با مراجع ذی‌ربط‌. ط - همکاری با مراجع ذی‌صلاح در جهت حفظ احترام و شؤون پزشکی در جامعه‌. ی - همکاری با مراجع ذی‌ربط در جهت گسترش فعالیت‌های علمی و تحقیقاتی و انتشارات پزشکی‌. ک - اظهارنظر و مشارکت فعال به هنگام تعیین یا تجدیدنظر در تعرفه‌های خدمات بهداشتی و درمانی بخش دولتی و تعیین تعرفه‌ها در بخش غیردولتی براساس ضوابط بند (8) ماده (1) قانون بیمه همگانی خدمات درمانی کشور مصوب 3/8/1373 و همکاری با مراجع ذی‌صلاح در اجرای آن‌. تبصره - درصد تعهد سازمانهای بیمه‌گر در قبال تعرفه‌های فوق توسط شورایعالی بیمه خدمات درمانی همه ساله تعیین خواهد شد. ل - اظهارنظر و مشارکت فعال در تعیین و یا تجدیدنظر در میزان مالیات و عوارض مشاغل موسسات و شاغلان حرف پزشکی و همکاری با مراجع ذی‌صلاح در وصول آن‌. م - مشارکت در تدوین آیین نامه‌ها و دستورالعمل‌های نظارتی درمورد مطب‌ها، مؤسسات درمانی و بهداشتی و دیگر مراکز پاراکلینیک در بخش خصوصی‌. ن - صدور پروانه اشتغال مطب‌های پزشکی و حرف وابسته و تمدید آنها و مشارکت در صدور پروانه مؤسسات پزشکی براساس مقررات و ضوابط وزارت بهداشت‌، درمان و آموزش پزشکی‌. ق - عضویت در شوراهای گسترش و برنامه‌ریزی دانشگاهها و مشارکت در تعیین ظرفیت دانشگاههای دولتی و غیردولتی‌. ر - همکاری در تدوین آیین نامه‌های ارزشیابی و مشارکت در اجرای آن برای مراکز درمانی و بیمارستانی‌. ش - کمک به رفع مشکلات رفاهی و مالی شاغلان حرف پزشکی کم‌درآمد و خسارت دیده ازطریق صندوق تعاون و رفاه‌. ت - همکاری با مراجع ذی‌ربط در ارائه خدمات امدادی‌، بهداشتی و درمانی به هنگام بروز حوادث و سوانح غیرمترقبه از طریق تشویق و بسیج اعضاء سازمان‌. س - مشارکت فعال در تدوین برنامه‌های آموزشی گروه پزشکی‌. ع - همکاری و مشارکت در جهت اشتغال فارغ‌التحصیلان گروه پزشکی‌. ف - انجام کلیه مسؤولیت‌ها، وظایف و اختیاراتی که تاکنون در قوانین مختلف از سوی مجلس شورای اسلامی به سازمان نظام پزشکی جمهوری اسلامی ایران محول گردیده است‌.