وظایف شورای عالی نظام پزشکی به شرح زیر می‌باشد: الف - اجرای دقیق وظایف مقرر در ماده (3) این قانون و نظارت مستمر بر حسن اجرای آنها از طریق رئیس کل سازمان‌. ب - نظارت بر عملکرد نظام پزشکی شهرستانها. ج - نظارت بر عملکرد صندوق تعاون و رفاه وابسته به سازمان نظام پزشکی‌. د - رسیدگی به تخلفات انضباطی هیات مدیره نظام پزشکی شهرستانها ارجاعی از طرف شورای هماهنگی استان و رفع اختلاف بین آنها. ه - تهیه و تصویب دستورالعملهای اجرایی لازم در چارچوب این قانون‌. و - انحلال هیات مدیره نظام پزشکی شهرستانها و برگزاری انتخابات مجدد در چارچوب این قانون‌. ز - تصویب بودجه سالیانه سازمان نظام پزشکی جمهوری اسلامی ایران‌. تبصره - هیات مدیره نظام پزشکی شهرستانها در موارد زیر منحل می‌گردند: 1 - عدول و تخطی از وظایف مقرر در این قانون با تشخیص شورای عالی نظام پزشکی‌. 2 - فوت یا استعفاء یا غیبت غیرمجاز بیش از یک دوم اعضاء هیات مدیره برای چهار جلسه متوالی‌.