دبیرخانه هیات عالی نظارت مکلف است با همکاری دبیرخانه‌شورای‌عالی مناطق آزاد تجاری صنعتی، نسبت به تهیه آیین‌نامه اجرایی حاکم بر تشکیل و‌فعالیت تشکلهای صنفی در مناطق آزاد کشور اقدام کند تا پس از تصویب وزیر بازرگانی به‌اجرا در آید.