وظایف شورا: 1 - تصویب برنامه کار سالانه سازمان حفظ نباتات کشور. 2 - تصویب فهرست آفات و بیماری‌های عمومی نباتات و قرنطینه‌ای داخلی. 3 - تصویب بودجه تفصیلی و اصلاح بودجه سازمان به میزان اعتبار مصوب. 4 - بررسی گزارش‌های سازمان حفظ نباتات یا اطلاعاتی که از منابع مختلف به دست می‌آید و اظهار نظر و صدور دستورهای لازم. 5 - انجام وظایفی که طبق مواد 9 و 10 و 13 و 21 این قانون به عهده شورا محول گردیده است.