اشخاصی که کسر دریافتی از آنها مطالبه می‌شود هرگاه نسبت به مبلغ مورد مطالبه اعتراض داشته باشند می‌توانند ظرف سی روز از تاریخ ابلاغ مطالبه نامه دلایل اعتراض خود را به طور کتبی به گمرک اعلام دارند در این صورت گمرک به اعتراض نامه رسیدگی می کند و در مواردی که اعتراض موجه شناخته شود از ادامه مطالبه خودداری می‌نماید وگرنه دلیل رد اعتراض را به مودی ابلاغ می کنند که در آن صورت چنانچه صاحب کالا به اعتراض خود باقی باشد می‌تواند ظرف ده روز از تاریخ ابلاغ بدون تودیع سپرده، درخواست ارجاع پرونده به کمیسیون رسیدگی به اختلافات گمرکی را بنماید. ارجاع پرونده بعد از مهلتهای فوق حداکثر تا شش ماه امکانپذیر است و مستلزم تامین مبلغ مورد مطالبه می‌باشد.