رییس سازمان توسط شورای عالی قضایی از میان قضات شرع و یا قضاتی که دارای رتبه 10 یا 11 قضایی باشند تعیین میشود. رییس سازمان میتواند یک نفر قایم مقام برای خود از میان قضات با صلاحیت انتخاب کند که با پیشنهاد او و تصویب شورای عالی قضایی تعیین میگردد و همچنین میتواند به تعداد لازم معاون داشته باشد.