هیات امنای بنیاد مرکب از هفت نفر به شرح زیر است: - رییس جمهور به عنوان رییس هیات امنا - نماینده ولی‌فقیه در بنیاد (‌درصورت تعیین) - رییس بنیاد به عنوان نایب رئیس هیات امناء - دو نفر از وزراء فرهنگی به انتخاب رئیس جمهور - سه نفر از شخصیت‌ها و افراد بصیر در امور فرهنگی، اجتماعی و اقتصادی ازمیان جامعه هدف به پیشنهاد رئیس بنیاد و تایید رئیس جمهور -وزراء تعاون، کار و رفاه اجتماعی و بهداشت، درمان و آموزش پزشکی تبصره (اصلاحی 1387/01/18)- یکی از معاونان بنیاد بنا به پیشنهاد رئیس بنیاد و تایید رئیس هیات امناء به عنوان دبیر جلسه بدون حق رای شرکت خواهد کرد.