رئیس بنیاد بالاترین مقام اجرایی بنیاد است که به پیشنهاد رئیس‌جمهور و تایید مقام معظم رهبری با حکم رئیس‌جمهور به‌مدت چهار‌سال منصوب و مسوولیت اداره امور بنیاد و اجرای برنامه‌ها را برعهده خواهد داشت و اهم وظایف او به شرح زیر است: 1- تهیه، تدوین و پیشنهاد خط مشی‌ها و سیاستهای اجرایی، برنامه و بودجه سالانه، صورتهای مالی و گزارش عملکرد سالانه بنیاد به هیات امنا برای‌اقدام لازم. 2- تنظیم و تدوین آیین نامه‌های لازم و همچنین پیشنهاد اصلاح تشکیلات جهت تصویب به مراجع ذیربط. 3- نمایندگی بنیاد در کلیه امور حقوقی و نزد کلیه مراجع اعم از قضایی، اداری و قانونگذاری و طرح و اقامه دعاوی و دفاع و جوابگویی به هرگونه‌دعاوی حقوقی، جزایی و اداری به طرفیت از بنیاد و انجام سایر فعالیتهای لازم برای استیفای حقوق بنیاد با حق تعیین وکیل یا نماینده و تفویض‌اختیارات لازم به‌آنان برای انجام امور محول و پایان دادن به دعاوی از طریق مصالحه و یا ارجاع به داوری با رعایت قوانین 4(اصلاحی 1387/01/18)- انجام کلیه امور مالی، اداری، فرهنگی و اجتماعی، ازجمله عزل و نصب مدیران و صدور دستورالعملها و بخشنامه‌های لازم همچنین گشایش انواع‌حسابهای بانکی، انجام هر نوع معامله و هرگونه ارتباط با موسسات و سازمانهای دولتی، غیردولتی و اشخاص حقیقی یا حقوقی. 5 (الحاقی 1387/01/18)- اتخاذ تصمیم در مورد سرمایه گذاری از محل منابع در اختیار بنیاد در چهارچوب سیاستهای مصوب هیات امناء. 6 (الحاقی 1387/01/18)- تهیه پیش نویس آیین نامه ها و ارائه آنها به هیات امناء جهت طی مراحل تصویب. 7 (الحاقی 1387/01/18)- بررسی و ارائه پیشنهاد اصلاح و یا تغییر مواد اساسنامه به هیات امناء جهت طی مراحل تصویب. 8 (الحاقی 1387/01/18)- تهیه تشکیلات تفصیلی بنیاد و تصویب در هیات امناء. 9 (الحاقی 1387/01/18)- انعقاد هرگونه قرارداد و تغییر و تبدیل و یا فسخ و اقاله آن و خرید و فروش و معاوضه اموال و ماشین آلات و برگزاری مناقصه و مزایده در حدود آیین نامه‌های مالی و معاملاتی. 10 (الحاقی 1387/01/18)- قبول اموال واحدهای اقتصادی و سهام یا سهام الشرکه به نحوی که متضمن صرفه و صلاح بنیاد باشد. 11 (الحاقی 1387/01/18)- تاسیس، ادغام، انحلال یا واگذاری شرکتها و واحدهای اقتصادی بنیاد در چهارچوب قوانین و مقررات و مصوبات هیات امناء. تبصره (الحاقی 1387/01/18)- رئیس بنیاد می‌تواند با حفظ مسوولیت، بخشی از وظایف و اختیارات خود را به هر یک از کارکنان تفویض نماید.