ارکان بنیاد عبارتست از:
1 شورای مرکزی
2 سرپرست یا رئیس بنیاد
3 دفاتر منطقهای و شوراهای استان یا شهرستان
4 سرپرست یا مسئول دفاتر منطقهای
5 شورای حقوقی
6 ناظران مالی
7 بازرسان
8 حسابرس
که حدود اختیارات و وظایف آنها در این اساسنامه مصرح است.
ماده ۹ لایحه قانونی اساسنامه بنیاد مستضعفان
هنوز نظریه، رأی یا نشستی که به این ماده استناد کرده باشد ثبت نشده است.