رئیس بنیاد بالاترین قوه اجرایی بنیاد است. تنظیم سیاست کلی بنیاد و اجرای آن پس از تصویب شورای مرکزی به عهده اوست. رئیس یاسرپرست بنیاد حق دارد برای سرپرستی هر یک از امور مالی، اداری، بازرگانی، صنعتی، کشاورزی معماری و غیر اینها مدیرانی را از اشخاص واجد صلاحیت با نظر مشورتی شورای مرکزی بگمارد و همواره حق نصب و عزل آنان را دارد. حدود اختیارات و وظایف هر یک از مدیران و حقالزحمه وپاداش آنان را رئیس بنیاد طبق آیین نامه مصوب شورای مرکزی معین خواهد کرد.
ماده ۱۳ لایحه قانونی اساسنامه بنیاد مستضعفان
هنوز نظریه، رأی یا نشستی که به این ماده استناد کرده باشد ثبت نشده است.