از تاریخ لازم الاجرا شدن این قانون، ماده واحده قانون راجع به تجویز دادرسی غیابی در امور جنایی مصوب ۲/۳/۱۳۳۹، قانون دادرسی نیروهای مسلح جمهوری اسلامی ایران مصوب ۲۲/۲/۱۳۶۴ به جز مواد (۴)، (۸) و (۹) آن قانون، قانون تشکیل دادگاه های کیفری (یک و دو) و شعب دیوان عالی کشور مصوب ۲۰/۴/۱۳۶۸، قانون تجدیدنظر آرای دادگاه ها مصوب ۱۶/۵/۱۳۷۲، مواد (۷۵۶) الی (۷۷۹) الحاقی مورخ ۵/۳/۱۳۸۸ به قانون مجازات اسلامی (تعزیرات و مجازات های بازدارنده) و ماده (۵۶۹) قانون آیین دادرسی کیفری مصوب ۴/۱۲/۱۳۹۲ و اصلاحات و الحاقات بعدی آنها ملغی است. ماده ۶۹۹ این قانون با رعایت ترتیب شماره مواد به عنوان بخش های هشتم، نهم، دهم، یازدهم و دوازدهم قانون آیین دادرسی کیفری مصوب ۴/۱۲/۱۳۹۲ الحاق و مقررات هر دو قانون از تاریخ ۱/۴/۱۳۹۴ لازم الاجرا است.