اجرای احکام دادگاه‌های نظامی مطابق مقررات قانون آیین‌دادرسی کیفری به عهده دادسرای نظامی صادرکننده کیفرخواست است. در موارد احاله و عدم صلاحیت، اجرای احکام دادگاه‌ها، به ترتیب برعهده دادسرای مرجع محال‌الیه و مرجع صالح به رسیدگی است.